Jurbarko krašto muziejus įkurtas 1991 m. buvusių Jurbarko dvaro valdytojų, kunigaikščių Vasilčikovų svečių namuose – šiaurinėje dvaro oficinoje.
Eksponatus į Jurbarką atvežė buvusios Girdžių vidurinės mokyklos mokytojai Danutė ir Vincas Norkaičiai, kurie Girdžių bažnyčios klebonijos pastate buvo įkūrę kraštotyros muziejų.
1991 m. lapkričio 3 d. atidaryta pirmoji fotoparoda, skirta Jurbarko miesto Magdeburgo teisių suteikimo 380 m. sukakčiai.
1996 m. muziejus įregistruotas kaip Jurbarko savivaldybės krašto muziejus.
2001 m. gegužės 30 d. lankytojams duris atvėrė restauruota buvusi dvaro cerkvė – Parodų ir koncertų salė.
2010 m. Europos regioninės plėtros fondo ir Jurbarko rajono savivaldybės lėšomis muziejus buvo renovuotas.

Muziejuje veikia šios pastovios ekspozicijos:
• Jurbarko dvaras ir miestas XIX a. pab.–XX a. pr.
• Lietuvių ir kryžiuočių kovos Panemunės medinėse pilyse.
• Jurgis Baltrušaitis – poetas, vertėjas, diplomatas.

Muziejus organizuoja edukacines programas, kilnojamąsias parodas, kamerinius koncertus.